UCSC pubblica il genoma del coronavirus

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Immagine: la struttura del virus è composta da almeno tre proteine ​​virali.
Credit: Belouzard et al, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3397359/
La ricerca sul nuovo virus della polmonite sviluppatosi nel mercato ittico di Wuhan, il micidiale “coronavirus” che ha costretto il governo cinese a mettere in quarantena oltre 50 milioni di persone nel denso cuore industriale del paese, sarà facilitata dall’UC Santa Cruz Genomics Institute. Il team del Genomics Institute ha pubblicato il codice biomolecolare completo del virus che i ricercatori di tutto il mondo possono utilizzare.
“I dati sul coronavirus pubblicati nel browser genoma UCSC, consentiranno ai ricercatori di osservare la struttura del virus e, soprattutto, di lavorare con essi”, ha dichiarato Hiram Clawson, ingegnere UCSC.
Campioni del virus sono stati elaborati nei laboratori di tutto il mondo e le informazioni grezze sul suo codice genetico sono state inviate al repository mondiale di informazioni genomiche presso il National Institutes of Health’s National Center for Bioinformatics (NCBI) di Bethesda, nel Maryland.
L’NCBI è un deposito di tutto il mondo istituito nei primissimi tempi della genomica”, ha affermato Clawson. “Quando i ricercatori trovano nuovi virus, inviano le informazioni  all’NCBI che assegna al nuovo virus un nome e un numero in modo che tutti possano fare riferimento a un campione esatto. Una volta elaborate le informazioni genomiche, vengono rese disponibili al mondo dal database”.
Da lì, l’UC Santa Cruz Genome Browser elabora le informazioni del virus e le rende accessibili.
L’NCBI ha chiamato il virus della polmonite del mercato ittico di Wuhan 2019-nCoV che sta per nuovo coronavirus scoperto nel 2019.
I ricercatori possono ingrandire o ridurre il genoma. Ciò consente loro di vedere le coppie di basi al livello più dettagliato o i 10 singoli geni che compongono le 29.903 coppie di basi.
Il browser contiene anche una traccia CRISPR,che consente ai ricercatori di vedere dove possono giuntare il materiale genetico e come possono tagliarlo. Con CRISPR, i ricercatori possono modificare il materiale genetico, uno strumento straordinariamente prezioso per determinare “quali geni fanno cosa”.
“Nel caso di questo virus”, ha affermato Clawson, “ci sono circa dieci geni e il più grande è la sua proteina spike”,riferendosi alla colonna vertebrale chimica che il virus usa per aggrapparsi alle cellule umane e dirottare il loro apparato cellulare per riprodursi.
Il browser consente anche le annotazione, in modo che i ricercatori di tutto il mondo possano collaborare e condividere informazioni sperimentali.
Per visualizzare il genoma del coronavirus, visitare:genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=wuhCor1
Fonte, UCBS