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Variante SARS-CoV-2 B.1.1.7 potrebbe diventare dominante

(SARS-CoV-2 B.1.1.7-Immagine Credit Public Domain).

SARS-CoV-2 B.1.1.7, la nuova variante della sindrome respiratoria acuta grave coronavirus-2 (SARS-CoV-2) rilevata in Inghilterra, si replica più di due volte più velocemente rispetto ai ceppi precedenti secondo una nuova ricerca. Questo vantaggio di replicazione promette di renderla presto la variante globale dominante. Questa scoperta proviene da un sorprendente preprint apparso sul server medRxiv * nel gennaio 2021.

È stato il 20 settembre 2020 che gli scienziati hanno rilevato per la prima volta i primi due genomi che ora sono etichettati come il nuovo SARS‐CoV‐2 Variant Under Investigation (VUI) ‐202012/01, noto anche come lignaggio B.1.1.7. I successivi 30 giorni hanno visto la crescita esponenziale del lignaggio, che comprendeva oltre 1/3 di tutte le sequenze SARS-CoV-2 in Inghilterra nella prima metà di dicembre.

Caratteristiche di SARS-CoV-2 B.1.1.7

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La nuova variante ha nove mutazioni nella proteina spike che non sono tutte uniche. Una di queste è una delezione che rende il gene spike invisibile alla sonda dPCR utilizzata in Inghilterra. Questo è chiamato fallimento del target del gene spike, SGTF.

Questo ceppo è diventato il ceppo più comune a portare questa delezione a causa del suo alto tasso di moltiplicazione. Scoperto dagli scienziati della Public Health England (PHE), questo ceppo ha un numero di riproduzioni che è quasi 1,5 volte superiore rispetto ai ceppi precedenti e una trasmissibilità stimata del 56% superiore.

Tasso di crescita esponenziale

L’attuale studio utilizza un nuovo approccio. Gli scienziati hanno raccolto dati da tutta l’Inghilterra, dal database Global Initiative for Sharing All Influenza Data (GISAID), per trovare il rapporto dei genomi da VUI ‐ 202012/01 a non ‐ VUI ‐ 202012/01. Questi dati coprono circa il 5% dei genomi dall’Inghilterra.

I ricercatori hanno monitorato questo rapporto e calcolato il tasso di crescita del numero di genomi sequenziati in queste due categorie di settimana in settimana, come nel periodo di cinque settimane dell’intero studio. Hanno scoperto che la crescita della variante VUI ‐ 202012/01 era virtualmente esponenziale nelle settimane 43-47 del 2020. È stato stimato il rapporto tra i numeri di replicazione dei due tipi di genomi.

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Vedi anche:SARS-CoV-2: inalazione di vapore inattiva i virioni

Nelle quattro settimane dalla settimana 38 alla settimana 42, i ricercatori hanno scoperto che ogni settimana venivano raccolti meno di cinque genomi da VUI ‐ 202012/01. Tuttavia, il numero è salito a 28 nella settimana 43 e ha continuato a crescere in modo esponenziale fino alla settimana 47. Nella settimana 48, questa crescita sembra volgere al termine. Ma questo può essere più apparente che reale, forse perché i dati in arrivo erano incompleti.

Nel periodo di cinque settimane, la frazione del tasso di crescita della variante  VUI ‐ 202012/01 rispetto a ceppi non VUI ‐ 202012/01 era superiore a 2 a settimana – infatti, era 2,31. Il rapporto tra i numeri di riproduzione di questi due tipi di varianti è stato stimato assumendo che entrambi i tipi di ceppo abbiano lo stesso intervallo seriale (intervallo dall’insorgenza dei sintomi del caso primario a quello dei casi secondari), cioè 6,73 giorni. Questo rapporto è arrivato a 2,31 6,73 / 7 = 2,24.

Il rapporto tra genomi VUI-202012/01 e non-VUI-202012/01 raccolti nelle settimane 38-50, 2020, sulla base dei dati GISAID presentati fino al 26 dicembre 2020. La linea di tendenza in (A) è adattata ai punti dati da settimane 43–47 (blu), in cui il numero di genomi VUI-202012/01 raccolti supera 27 e il numero totale di genomi supera 4500 a settimana.  Il tasso di crescita settimanale è 2,31 [IC 95%: 2,08-2,57].  Il numero di casi positivi in ​​(B) viene fornito dopo https://coronavirus.data.gov.uk/details/cases.

Il rapporto tra genomi VUI-202012/01 e non-VUI-202012/01 raccolti nelle settimane 38-50, 2020, sulla base dei dati GISAID presentati fino al 26 dicembre 2020. La linea di tendenza in (A) è adattata ai punti dati da settimane 43–47 (blu), in cui il numero di genomi VUI-202012/01 raccolti supera 27 e il numero totale di genomi supera 4500 a settimana. Il tasso di crescita settimanale è 2,31 [IC 95%: 2,08-2,57]. Il numero di casi positivi in ​​(B) viene fornito dopo https://coronavirus.data.gov.uk/details/case.

Quali sono le implicazioni?

Questi risultati indicano che il numero di riproduzione dei ceppi VUI ‐ 202012/01 è 2,24 volte superiore a quello dei ceppi non-VUI ‐ 202012/01 di SARS‐ CoV‐2. 

Dato che Londra è un hub centrale che collega la maggior parte delle rotte di trasporto in tutto il mondo, il nuovo lignaggio potrebbe aver già coperto l’Europa e gli Stati Uniti per diventare dominante a livello globale. Infatti, il giorno dopo la conclusione dello studio, c’erano 12 di questi genomi in Italia, nove in Danimarca, 7 in Irlanda, 6 in Giappone e diversi da altri paesi europei e asiatici.

” Se confermata, la diffusione del ceppo VUI ‐ 202012/01 a replicazione più rapida potrebbe ostacolare gli sforzi per contenere le epidemie di COVID-19 prima delle vaccinazioni massicce”.

Fonte:r medRxiv *

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