HomeSaluteVirus e parassitiNuova strategia per comprendere l'evoluzione delle varietà di SARS-CoV-2

Nuova strategia per comprendere l’evoluzione delle varietà di SARS-CoV-2

Immagine: i ricercatori CSIRO stanno studiando SARS-CoV-2, che ha un genoma a RNA a filamento singolo, per capire come si evolve il virus. Credito: CSIRO.

I ricercatori del CSIRO, l’agenzia scientifica nazionale australiana, hanno svelato un nuovo approccio all’analisi dei codici genetici del virus SARS-CoV-2 che causa COVID-19.

Le risposte precliniche a focolai di malattie infettive in rapido movimento dipendono fortemente dalla scelta dei migliori isolati per i modelli animali che informano la diagnostica, i vaccini e i trattamenti. Gli attuali approcci sono guidati da considerazioni pratiche (ad esempio il primo isolato di virus disponibile) piuttosto che da un’analisi dettagliata delle caratteristiche del ceppo virale scelto, che possono portare a modelli animali che non sono rappresentativi dei cluster circolanti o emergenti.

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Questo studio suggerisce una combinazione di considerazioni epidemiologiche, sperimentali e bioinformatiche nella scelta dei ceppi virali per la generazione di modelli animali.  Dicono gli autori: “Discutiamo i ceppi SARS ‐ CoV ‐ 2 attualmente scelti per i modelli di coronavirus internazionale (COVID ‐ 19) nel contesto della loro filogenesi e in un nuovo approccio bioinformatico privo di allineamento. A differenza degli alberi filogenetici, che si concentrano su singole mutazioni condivise, questo nuovo approccio valuta le funzionalità di co-sviluppo a livello del genoma e offre quindi una visione più fluida della “nuvola di varianze” che i virus dell’RNA sono inclini ad accumulare. Questo approccio comune conclude che mentre gli attuali modelli animali coprono adeguatamente i ceppi virali esistenti, vi è una sostanziale attività evolutiva che probabilmente non è considerata dagli attuali modelli. Sulla base di approfondimenti tratti dall’approccio non discreto privo di allineamento e osservazioni sperimentali, suggeriamo isolati per futuri modelli animali”.

Vedi anche: I test anticorpali per SARS-CoV-2 cambieranno davvero tutto?

I risultati dello studio aiuteranno i ricercatori a capire meglio come si evolvono i ceppi del virus e ad identificare nuovi gruppi di virus. L’analisi dei dati globali sulle sequenze del genoma pubblicate di questo nuovo coronavirus ci aiuterà a comprendere questa malattia complessa, la COVID 19.
I ricercatori hanno sviluppato una nuova piattaforma di visualizzazione, sostenuta da algoritmi bioinformatici originariamente utilizzati per analizzare il genoma umano, per individuare le differenze tra le migliaia di sequenze genetiche del virus SARS-CoV-2. Larry Marshall, amministratore delegato del CSIRO, ha affermato che conoscere il codice genetico è vitale. “Più sappiamo di questo virus, meglio saremo armati per combatterlo”, ha detto il Dr. Marshall. Questa analisi estremamente complessa della sequenza genomica del virus SARS-CoV-2 ha già contribuito a determinare quali ceppi del virus sono adatti per testare i vaccini in corso di sviluppo presso il Centro australiano Geelong per la preparazione alle malattie, l’unica struttura ad alto contenuto di biocontenimento tipo nell’emisfero australe “.
Il capo del team di bioinformatica del CSIRO, Dr. Denis Bauer, ha affermato che il virus si evolve e questo progetto diventa sempre più importante perché contiene istruzioni sul comportamento del virus e sul tipo di malattia che può causare. “A livello globale ora esiste un’enorme quantità di singole sequenze di virus“, ha affermato il Dott. Bauer, che è anche Professore associato onorario alla Macquarie University, in Australia. “Valutare la distanza evolutiva tra questi punti di dati e visualizzarlo aiuta i ricercatori a scoprire i diversi ceppi del virus, incluso da dove provengono e come continuano a evolversi”.
Il Professor SS Vasan, leader del team che sta conducendo il lavoro sul virus SARS-CoV-2 e gli studi di valutazione dei vaccini ed è l’autore corrispondente dell’articolo, ha detto che le prime 181 sequenze di genoma pubblicate durante l’attuale epidemia di COVID-19 sono state analizzate per capire come i cambiamenti nel virus potrebbero influenzarne il comportamento e l’impatto.
Si prevede che questo virus RNA si evolverà in un numero di cluster distinti che condividono mutazioni, che è ciò che abbiamo confermato e visualizzato“, ha detto il Professor Vasan, che ha una cattedra onoraria presso l’Università di York, nel Regno Unito.
“Al momento, non prevediamo che le nuove informazioni influenzeranno lo sviluppo e la valutazione dei vaccini, delle terapie e della diagnostica COVID-19, ma sono importanti informazioni da monitorare con il progredire degli studi preclinici e clinici. Per consentire ciò, chiediamo alla comunità di ricerca internazionale di condividere dettagli de-identificati della gravità e dei risultati del caso, e altri metadati rilevanti come le comorbilità, insieme alle sequenze genomiche del virus”.
L’amministratore delegato del Centro di ricerca e-salute australiano CSIRO, David Hansen, ha affermato che il lavoro mostra l’importanza della collaborazione incrociata tra le discipline affermate ed emergenti di bioinformatica, genomica, vaccinologia e virologia. “Seguire il processo scientifico di pubblicazione aperta sottoposta a revisione paritaria come questa è una componente di vitale importanza per la risposta del CSIRO”, dice il Dr. Hansen.
“Il vantaggio della piattaforma di visualizzazione dei dati è che evidenzia l’evoluzione delle mutazioni genetiche del virus mentre continua a cambiare e adattarsi a nuovi ambienti”, ha affermato il Dott. Bauer, che è il primo autore di questo documento. Più siamo informati sulle differenze genetiche e sulle loro probabili conseguenze sulla progressione della malattia, meglio possiamo affrontare la malattia con diagnosi e trattamenti”.

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