DNA Studio-Immagine: il lancio del database UCI Tandem Repeat Genome Aggregation fornisce le prime mappe di riferimento complete su scala di biobanca per le espansioni TR, segnando una pietra miliare fondamentale nel progresso della ricerca su oltre 50 malattie umane letali”, afferma l’autore co-corrispondente dello studio, Wei Li (a sinistra). A lui si uniscono l’autore corrispondente Ya Cui, Wenbin Ye e Jason Sheng Li. Credito Scuola di Medicina della UC Irvine.
Un gruppo di ricerca guidato dall’Università della California, Irvine, ha costruito le prime mappe genetiche di riferimento per brevi tratti di DNA ripetuti più volte che sono noti per causare più di 50 malattie umane letali, tra cui la sclerosi laterale amiotrofica, la malattia di Huntington e tumori multipli.
Il database di aggregazione del genoma tandem dell’UC Irvine consente ai ricercatori di studiare come queste mutazioni – chiamate espansioni di ripetizioni tandem – sono collegate alle malattie, per comprendere meglio le disparità sanitarie e migliorare la diagnostica clinica.
Lo studio, pubblicato online sulla rivista Cell, introduce il TR-gnomAD della UC Irvine che affronta una lacuna critica negli attuali sforzi di sequenziamento del genoma delle biobanche. Sebbene le espansioni TR costituiscano circa il 6% del nostro genoma e contribuiscano sostanzialmente a condizioni congenite complesse, la loro comprensione scientifica rimane limitata.
“Questo progetto innovativo posiziona l’UC Irvine come leader nella genetica umana e medica, affrontando il divario critico nella capacità di interpretare le espansioni TR negli individui con disturbi genetici. Il TR-gnomAD migliora la nostra capacità di determinare in che modo determinate malattie potrebbero colpire diversi gruppi di persone in base alle variazioni di queste mutazioni tra gli antenati. Le società di consulenza genetica possono quindi sviluppare prodotti per interpretare queste informazioni e segnalare con precisione come determinati tratti potrebbero essere collegati a diversi gruppi di persone e malattie”, dice Wei Li, Presidente della Grace B. Bell e Professore di bioinformatica e autore co-corrispondente
Per costruire il database, il team ha utilizzato due strumenti software per analizzare i dati genomici di 338.963 partecipanti in 11 sottopopolazioni. Dei 0,91 milioni di TR identificati, 0,86 milioni erano di qualità sufficientemente elevata da poter essere conservati per ulteriori studi. Si è anche scoperto che il 30,5 per cento di loro aveva almeno due forme alternative comuni di un gene causate da una mutazione localizzata nello stesso punto di un cromosoma.
“Anche se abbiamo genotipizzato con successo un numero considerevole di TR, si tratta ancora solo di una frazione del numero totale nel genoma umano”, ha detto Li. “I nostri prossimi passi saranno quelli di dare priorità all’integrazione di un numero maggiore di TR di alta qualità e includere antenati più sottorappresentati, come quelli australiani, isolani del Pacifico e mongoli, mentre ci avviciniamo alla realizzazione della medicina di precisione personalizzata”.
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I membri del team dell’UC Irvine coinvolti nella ricerca includevano l’autore co-corrispondente e Professore assistente di ricerca Ya Cui; Wenbin Ye, studioso post-dottorato; Jason Sheng Li, studente laureato in chimica biologica ed Eric Vilain, Professore di pediatria e Direttore dell’Istituto di scienze cliniche e traslazionali. Hanno partecipato anche Jingi Jessica Le, Professoressa di biostatistica dell’UCLA e il Dottor Tamer Sallam, vicePresidente e Professore associato presso la David Geffen School of Medicine dell’UCLA.
