Malattia di Crohn: come l’intelligenza artificiale ha risolto un mistero lungo 25 anni

Malattia di Crohn-immagine: le micrografie elettroniche mostrano come i macrofagi che esprimono la girdina neutralizzino i patogeni fondendo i fagosomi (P) con i lisosomi cellulari (L) per formare i fagolisosomi (PL), compartimenti in cui i patogeni e i detriti cellulari vengono degradati (sinistra). Questo processo è cruciale per il mantenimento dell’omeostasi cellulare. In assenza di girdina, questa fusione fallisce, consentendo ai patogeni di eludere la degradazione e la neutralizzazione (destra). Credito: UC San Diego Health Sciences.

Studi su singole cellule hanno rivelato che i macrofagi intestinali mantengono l’omeostasi intestinale attraverso l’azione bilanciata di sottopopolazioni reattive (infiammatorie) e tolleranti (non infiammatorie). Il modo in cui tale equilibrio viene compromesso nelle malattie infiammatorie intestinali (IBD), tra cui il morbo di Crohn (MC) e la colite ulcerosa (CU), rimane irrisolto. In questo studio, i ricercatori definiscono gli stati macrofagici specifici del colon e rivelano il ruolo critico dei macrofagi non infiammatori associati al colon (niColAM) nella guarigione dalle IBD.

I ricercatori dell’Università della California a San Diego hanno risolto un dibattito decennale sul ruolo del primo gene della malattia di Crohn associato a un rischio maggiore di sviluppare questa malattia autoimmune.

L’intestino umano contiene due tipi di macrofagi, o globuli bianchi specializzati che svolgono ruoli molto diversi, ma ugualmente importanti nel mantenimento dell’equilibrio dell’apparato digerente. I macrofagi infiammatori combattono le infezioni microbiche, mentre i macrofagi non infiammatori riparano i tessuti danneggiati. Nel morbo di Crohn, una forma di malattia infiammatoria intestinale (MICI), uno squilibrio tra questi due tipi di macrofagi può causare un’infiammazione intestinale cronica, danneggiando la parete intestinale e causando dolore e altri sintomi.

I ricercatori della facoltà di medicina dell’Università della California a San Diego hanno sviluppato un nuovo approccio che integra l’intelligenza artificiale (IA) con tecniche avanzate di biologia molecolare per decodificare ciò che determina se un macrofago diventerà infiammatorio o non infiammatorio.

Lo studio risolve anche un mistero di lunga data che circonda il ruolo di un gene chiamato NOD2 in questo processo decisionale. NOD2 è stato scoperto nel 2001 ed è il primo gene associato a un rischio aumentato di morbo di Crohn.

Lo studio è pubblicato sul Journal of Clinical Investigation.

Utilizzando un potente strumento di apprendimento automatico, i ricercatori hanno analizzato migliaia di pattern di espressione genica dei macrofagi provenienti da tessuto del colon affetto da IBD e da tessuto del colon sano. Hanno identificato una firma genetica macrofagica composta da 53 geni che separa in modo affidabile i macrofagi reattivi e infiammatori dai macrofagi in fase di guarigione dei tessuti.

Uno di questi 53 geni codifica una proteina chiamata girdina. Ulteriori analisi hanno rivelato che nei macrofagi non infiammatori, una regione specifica della proteina NOD2 si lega alla girdina. Questo sopprime l’infiammazione incontrollata, elimina i microbi nocivi e consente la riparazione dei tessuti danneggiati dalle malattie infiammatorie intestinali. Tuttavia, la mutazione più comune nel gene NOD2, presente nella malattia di Crohn, elimina la sezione del gene a cui la girdina normalmente si legherebbe. Ciò si traduce in un pericoloso squilibrio tra macrofagi infiammatori e non infiammatori.

NOD2 funziona come sistema di sorveglianza delle infezioni dell’organismo”, ha affermato l’autore senior Pradipta Ghosh, MD, Professore di medicina cellulare e molecolare presso la Facoltà di Medicina dell’UC San Diego. “Quando si lega alla girdina, rileva i patogeni invasori e mantiene l’equilibrio immunitario intestinale neutralizzandoli rapidamente. Senza questa interazione, il sistema di sorveglianza NOD2 collassa“.

I ricercatori hanno poi confermato l’importanza dell’interazione tra NOD2 e girdina confrontando modelli murini di morbo di Crohn privi della proteina girdina con quelli con girdina intatta. Hanno scoperto che i topi privi di girdina soffrivano di uno squilibrio nel microbioma intestinale e sviluppavano un’infiammazione dell’intestino tenue. Spesso morivano di sepsi, una condizione in cui il sistema immunitario innesca una risposta eccessiva a un’infezione, causando infiammazione in tutto il corpo e danni agli organi vitali.astratto grafico

Astratto grafico credito Journal of Clinical Investigation.

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L’intestino è un campo di battaglia e i macrofagi sono i pacificatori”, ha affermato il co-autore Gajanan D. Katkar, Ph.D., assistente ricercatore di progetto presso la Facoltà di Medicina dell’UC San Diego. “Per la prima volta, l’intelligenza artificiale ci ha permesso di definire e tracciare chiaramente i giocatori di due squadre avversarie”.

Unendo la classificazione basata sull’intelligenza artificiale, la biochimica meccanicistica e i modelli murini, lo studio risolve uno dei dibattiti più longevi sulla malattia di Crohn. I risultati non solo spiegano come una mutazione genetica chiave determini la malattia, ma potrebbero anche contribuire allo sviluppo di trattamenti volti a ripristinare la relazione tra girdina e NOD2.

Fonte: Journal of Clinical Investigation

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